Na vodní dýmce se za stovky let jejího používání změnil design nebo šíře příslušenství, ne však princip jejího fungování, který je velmi jednoduchý. Potáhnutím z hadice vzniká podtlak, který žene uhlíky rozžhavený vzduch korunkou s tabákem dále do těla dýmky, srdce a vázy. Tam se dým ve vodě ochlazuje, zbavuje se těžkých částic a kumuluje. Odtud dým pokračuje zpět do srdce a hadice.
Vodní dýmky jsou zdraví škodlivé. Filtrace kouře vodou ho nezbavuje zdraví škodlivých látek.